Покровская церковь существовала в Сарапуле с начала XVIII века. После обветшания и двух пожаров, бывшая деревянная церковь на средства прихожан в 1791 году вновь отстраивается из камня.
В 1813 году началось строительство каменной колокольни в нижнем ярусе которой устроен храм в честь Святых Апостолов Петра и Павла — Петропавловская церковь.
Церковь была закрыта в 1932 году по распоряжению Удмуртского облисполкома. Здание переоборудовано в хлебопекарню.
В конце XX века при приватизации Сарапульского хлебокомбината храмовой комплекс был передан Русской Православной Церкви.
В 2010-2012 годы проводились реставрационные работы финансируемые ОАО НК «Русснефть». В церемонии открытия 11 октября 2012 года одного из главных православных Удмуртии приняли участие Митрополит Ижевский и Удмуртский Николай, Президент Удмуртской Республики Александр Волков и президент ОАО НК «РуссНефть» Михаил Гуцериев.