Приход села Бодья (Бодьинское, Якшур-Бодья) Сарапульского уезда открыт по указу Вятской духовной консистории от 5 июля 1860 года.
В 1861 году З.Н.Попов на свои средства при помощи прихожан построил деревянную церковь, которая была освящена 27 ноября (10 декабря по нов.стилю) в честь святого Николая Чудотворца.
В 1890 году церковь перестроена, расширена церковная ограда, в которой размещались другие служебные помещения и кладбище.
В 30-е годы ХХ века храм был разрушен. В январе 1941 года, на месте бывшей церкви построено новое двухэтажное деревянное здание, в котором был размещен райком ВКП(б), КПСС, ВЛКСМ, затем Дом пионеров, детская библиотека, музыкальная школа. В 1991 году это здание сгорело.
7 октября 1995 года состоялось освящение места под строительство новой церкви. 12 декабря 1999 года над селом Якшур-Бодья вновь зазвенели колокола.
3 мая 2001 года произведено освящение верхнего храма и главного престола в честь святителя и чудотворца Николая. Это начало службы и возрождения духовенства в селе Якшур-Бодья.